In der Historischen Arbeitsstelle werden die wissenschaftshistorischen Sammlungen des Museums für Naturkunde aufbewahrt und erschlossen. Das Museum verfügt über eine umfangreiche Sammlung an historischen Schriften, Dokumenten, Nachlässen, Bildmaterial und biologischen Modellen. Diese Sammlung stellt ein einmaliges Quellenmaterial für die Geschichte der am Museum vertretenen Fachdisziplinen dar. Briefe, Reiseaufzeichnungen, Expeditionstagebücher, Sammellisten, Skizzenhefte, Zeichnungen und Fotos von Forschungsreisen und Expeditionen machen einen beträchtlichen Teil der Sammlungen aus. Nahezu vollständig erhalten sind die Korrespondenzen des Zoologischen Museums (seit 1810), des Paläontologischen Museums (seit 1889) und der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin (seit 1773). Dabei handelt es sich vor allem um den wissenschaftlichen Briefwechsel der ehemaligen Direktoren und Kustoden bzw. der Mitglieder der GNF mit Kollegen in aller Welt. Die Briefe sind nach Korrespondenzpartnern erschlossen. Die Porträtsammlung umfaßt gegenwärtig knapp 7000 Abbildungen (Fotografien, seltener Kupferstiche und Lithographien), hauptsächlich von Zoologen. Bei der Vermittlung biologischer Forschungsergebnisse spielten und spielen morphologische Lehrmodelle eine wichtige Rolle. An der Entstehung solcher Modelle waren Wissenschaftler, Handwerker und Künstler beteiligt, die zur Darstellung ihrer Ideen unterschiedliche Materialien nutzten. In der Historischen Arbeitsstelle werden Modelle aus Papiermache, Gips, Wachs bzw. Glas aufbewahrt, die zuvor für die studentische Ausbildung oder in den Ausstellungen des Museums genutzt wurden.