Als Schüler von Ferdinand Christian Bauer (1792-1860) war Zeller einer der wichtigsten Vertreter der historisch-kritischen Metheode in der Theologie des 19. Jahrhunderts. Werke u.a.: Platonische Studien (1839 ); Die Philosophie der Griechen. Eine Untersuchung über Charakter, Gang und Hauptmomente ihrer Entwicklung (1844 - 1852); Geschichte der christlichen Kirche. Uebersichtlich dargestellt (1848); Das theologische System Zwinglis (1853); Die Apostelgeschichte kritisch untersucht (1854); Die Tübinger historische Schule, als anonyme Veröffentlichung (1860); Entwickelung des Monotheismus bei den Griechen (1862); Geschichte der christlichen Kirche (1898); Staat und Kirche. Vorlesungen an der Universität zu Berlin gehalten (1873); David Friedrich Strauss in seinem Leben und seinen Schriften (1874); Über Bedeutung und Aufgabe der Erkenntnisstheorie (1862); Über teleologische und mechanische Naturerklärung (1876); Über den wissenschaftlichen Unterricht bei den Griechen. Rede beim Antritt des Rektorats an der Friedrich-Wilhelm-Universität (1878); Über die Messung psychischer Vorgänge (1881); Grundriss der Geschichte der griechischen Philosophie (1883); Über die Gründe unseres Glaubens an die Realität der Außenwelt, 1884.