Der 1811 in Stralsund geborene, auch in Mathematik und Astronomie versierte Kirchenhistoriker absolvierte sein Studium in Berlin und Göttingen. Besonders geprägt vom Berliner Erweckungstheologen August Neander sah Piper in materiellen Überresten einen geeigneten Zugang die Frömmigkeit der Christen vergangener Epochen zu erschließen ("monumentale Theologie"). Als Anschauungsmaterial dienten ihm einige wenige originale Kunstgegenstände sowie hauptsächlich Gipsabgüsse, Abklatsche von Inschriften, Lithographien, Zeichnungen und Fotografien. Mit Hilfe der preußischen Kultusverwaltung gelang es Piper, seit 1849 eine christlich-archäologische Sammlung aufzubauen. Vier Jahrzehnte, bis zu seinem Tod 1889 sollte Piper dieser Sammlung vorstehen.

Wichtige Werke
- Geschichte des Osterfestes seit der Kalenderreformation, zur Beurteilung der wider der diesjährige Osterdatum erhobenen Zweifel, Berlin 1845.
- Über einige Denkmäler der königlichen Museen zu Berlin, von religionsgeschichtlicher Bedeutung. Ein Vortrag von Ferdinand Piper, Berlin 1846.
- Mythologie und christliche Kunst von der ältesten Zeit bis in?s 16. Jh., 2 Bd., Weimar 1847.
- Das christliche Museum der Universität zu Berlin, gegründet 1849-1855 und die Einrichtung christlicher Volksmuseen, Berlin 1856.
- Die Kalendarien und Martyrologien der Angelsachsen sowie das Martyrologium des Herrad von Landsperg. Nebst Annalen der Jahre 1859 und 1860, Berlin 1862.
- Einleitung in die monumentale Theologie, Gotha 1867.
- (Hg.) Die Zeugen der Wahrheit. Lebensbilder zum Evangelischen Kalender auf alle Tage des Jahres: Bd.1: Vom Leben Jesus und aller Zeugen bis zum Frieden der Kirchen im römischen Reich, Leipzig 1874; Bd. 2: Vom Leben der alten Zeugen von der Mitte des IV. bis zur Mitte des XII. Jh., Leipzig 1874; Bd. 3: Aus dem Leben der Zeugen von der Mitte des XII. bis in die zweite Hälfte des XVI. Jh., Leipzig 1874; Bd. 4: Das Leben der Zeugen vom XVI. bis in die erste Hälfte des XIX. Jh., Leipzig 1876.